Проект храма был составлен монастырским художником и подписан Пандито Хамбо-ламой Ишижамсуевым, затем утвержден Иркутской губернской строительной комиссией в 1859 г. Цогчен дуган стал первым образцом нового типа храма в бурятском культовом зодчестве, положив начало второму поколению бурятских дацанов.
Нижний каменный этаж высотой 5,02 метров представляет почти квадратный в плане (27,7 x 23,40 м) тридцатиколонный зал с примыкающим с юга шестиколонным портиком. Здесь собирались на торжественные богослужения все ламы и послушники монастыря. Именно в архитектурной трактовке 1-го этажа появились элементы нового образа. Впервые белые стены не имели видимой крыши и завершались фризом с защитным орнаментом (толи). Северная сторона этажа отводилась для размещения скульптурных бронзовых позолоченных изображений будд, бодхисатв, дармапал. Они возвышались на особых престолах, а перед ними стояли жертвенники (тахилын ширээ). На других стенах и между колоннами висели иконы (танки) и различные украшения из материи (баданы, джалцаны, хадаки).
Второй этаж был из бревен и обшит досками, в плане имел размеры 19.00 х 14.70 метров. С юга три двери выводят на широкий портик, к которому примыкает узкая открытая галерея для совершения ритуального обхода. 2-ой этаж завершается крышей с приподнятыми углами, середину которой занимает павильон 3-его этажа, его размеры в плане 11.50 х 7.40 метра. С южной стороны также устроен портик с примыкающим балконом для ритуального обхода. Крышу здания украшали декоративные элементы из золоченной меди: ганджир, джалцаны, дулэ. Высота всего здания от земли до конька крыши — 18.70 метра. Строительство здания было завершено предположительно в 1870 г.
В 1960-х годах реставраторы выполнили большой объем работ по восстановлению перекрытия и крыши над портиком. Элементы из золоченной меди были заменены деревянными копиями.
Цогчен дуган Гусиноозерского дацана представляет яркий образец бурятского зодчества второй половины XIX века.
» В центре его размещался храм Цогчен (Согшин) — «дом всеобщего собрания». Его окружали 7 малых храмов (сумэ, дуганов), среди которых выделялся двухъярусный храм Майдари. Культ Бодхисаттвы Майдари, Будды Грядущего, был широко распространен в Забайкалье. И каждый дацан старался приобрести статую Майдари и 1000 будд. Сумэ в конце XIX века был второй по величине постройкой дацана. Внутри него была установлена скульптура Будды. В сумэ стоит меднок — бронзированное изваяние, самое большое, какое мне только довелось видеть в дацанах Забайкалья и Монголии, которые я посещал, — саженей в пять вышиной в сидячей позе» — свидетельствовал В. Птицин.